新加坡圣法兰西斯卫理公会教会学校课程设置如下：
新加坡圣法兰西斯卫理公会教会学校的开学时期与政府中学学期相同，通常在每年的1月3日开学，同时也接受10月至次年5月的插班申请。
学生需要支付学杂费，费用为新币8100/年，包括学费、智慧卡、两套校服、保险、担保人和学生证申请等费用。
以下是新加坡圣法兰西斯卫理公会教会学校的课程设置：
中学(1-4)课程：该课程包括英语、数学、科学（物理、化学、生物）、历史、华语、英国文学、地理等科目。
英语基础课程：专为英语基础相对薄弱的学生设计，为期10个星期，提供初级至中级的英语强化训练课程。该课程旨在为学生打下扎实的语言基础，为正式进入中学课程做好准备。课程结束后，学校将安排学生参加由剑桥大学本地考试机构和英国文化协会组织的考试。
入学条件为12岁以上。
中、小学预备课程、OLEVEL课程和ALEVEL课程：这些课程是为学生进入新加坡政府理工学院（新加坡、南洋、义安、淡马锡、共和理工学院）和公立大学（国大、南大、管理大学）而设立的最佳和最终目标。学生必须通过“O”LEVEL和“A”LEVEL考试才能进入这八所政府高等学府。在新加坡教育系统中，“O”LEVEL考试是一项水平高且得到国际认可的考试。考试结束后，学生还可以申请继续深造，包括前往英国和其他英联邦国家（主要是澳大利亚、新西兰、加拿大等）的公立大学。
新加坡圣法兰西斯中学提供多样化的课程设置，涵盖中学课程、英语基础课程以及中、小学预备课程、OLEVEL课程和ALEVEL课程。学校的目标是帮助学生顺利进入理想的政府学府和公立大学，为他们的未来深造和发展打下坚实的基础。
